Cold Spring Harbor Laboratuvarı’nda (CSHL) çalışan araştırmacılar ilk kapsamlı mobil genom analizi yapan uygulamayı geliştirdiler.
Geliştirilen uygulamanın adı iGenomics. Bu uygulama tamamen telefon üzerinde çalışabilir olup aynı zamanda bu alanda çalışan kişilerin büyük ve donanımlı bir bilgisayara olan ihtiyacını azaltıyor. Ayrıca uygulama Oxford Nanopore tarafından üretilen küçük DNA dizileme cihazlarını tamamlaması için geliştirilmiş.
Bir lise öğrencisinin staj projesi olarak başlayan proje artık App Store’da ücretsiz olarak sunuluyor. Uygulamanın yayınlandığı makalenin yazarı Michael Schatz Bio-IT World’e “DNA sıralayıcıları gittikçe küçülüyor. Aslında, Oxford Nanopore avucunuzun içine sığan bir sıralayıcı üretiyor. ” dedi ve uygulamanın konseptinin aslında basit olduğunu vurguladı. Uygulama size incelenen genomun hangi tür ve cinse ait olduğu gibi şeyleri söylemiyor bu yüzden gayet basit ve sade bir uygulama.
Proje yaklaşık on yıl önce ilk yazarı olan Aspyn Palatnick’in Schatz ile staj yapmaya başladığı zaman başlamış. Palatnick, Cold Springs Harbor Lisesi’nde 14 yaşında bir öğrenciydi, kendi kendini yetiştirmiş bir programcıydı ve birkaç yıldır iOS uygulamaları üzerinde çalışıyordu.
Şu an yayınlanmakta olan uygulamanın etkili olduğuna inanıyorlar. Palatnick’e göre bu projede olumlu görülebilecek bazı noktalar var. Mesela insan genomu büyümemesine rağmen telefonlarımız gittikçe daha hızlı hale geliyor ve bu dizilimleri okuyup anlamak onlar için daha küçük problemler haline geliyor. Eskiden aynı işlemleri yapmak için yeterli donanım ve yazılım sağlansa bile işlemlerin tamamlanması günler, haftalar sürüyordu. Teknolojinin ilerlemesi bu alanda işlerin kolaylamasına yardımcı oldu. İlerleyen zamanlarda bu alanda çok başarılı işlere imza atılacağı kesin diyebiliriz.
Ayrıca projenin tüm bilgileri açık kaynaklı olarak Github üzerinde paylaşılmış. Facebook’ta yeni bir işe başlayan Palatnick, bu kodu süresiz olarak korumayı planlıyor. Projeyi açık kaynak yapmalarındaki amaçlarının ise gerçekten de bu projenin daha da gelişmesini sağlamak ve mobil DNA analizinin tamamen uygulanabilir olduğunu açıkça ortaya koymak istemeleri olduğunu da vurguluyor.
